牛奶咖啡斑由于存在局部黑色素细胞代谢活跃等特点，使其治疗的结果有时难以预料。牛奶咖啡斑的治疗平均次数较多，部分病灶可能经治疗后出现反应性的色素加深，使治疗难以继续。需等待反应性的色素加深自然消退后继续治疗。术后一般不出现色素减退或脱失、皮肤质地改变及瘢痕形成。
由于牛奶咖啡斑的黑色素细胞分布于表皮内，因此利用较短波长和较小的能量密度即可破坏表皮黑色素细胞，一般认为504nm波长是较理想的选择，非特异损伤也较小，因此，510nm的脉冲染料激光、532nm的Q开关倍频Nd：YAG激光都是较好的选择。
