新生儿流行性腹泻的预防主要是消毒隔离和治疗患者，以切断感染源一旦发现新生儿腹泻就应立即隔离患儿和其父母并积极治疗患者。
如发现流行已难避免，立即将直接或间接接触过的婴儿集中在一个病房，每天做大便培养严密观察腹泻的发生。对大便培养阳性者再另集中隔离。有作者认为凡大便培养阳性者，不论有无腹泻都给予抗生素预防疗程5天但也有反对药物预防，因为药物预防后带菌率更高症状可能推迟出现，有时还可能使症状反复发作，延长流行时间。
腹泻流行的婴儿室都应检疫，不收新婴儿或新病人，将已康复的婴儿集中一起大便培养阴性3次后出院未发生腹泻的新生儿也另集中在一间经过潜伏期(1～6天)后大便培养阴性3次后方可出院任何病儿出院后，原床位上的用品如被褥、被单、枕头及病床都应消毒婴儿室和病室在流行期间应每天消毒，地板湿拖，家具湿揩不让灰尘飞扬，定时作空气地板墙壁和家具拭子培养工作人员应特别注意手的刷洗，每接触一患儿后应再洗手方可接触另一婴儿，定时作手拭子、鼻腔拭子和大便培养阳性者暂脱离病室或婴儿室喂奶前需戴消毒。