注意提高机体免疫，特别是细胞免疫，可使用免疫调节药物。
(一)治疗
1.局部治疗 对于局限性皮肤、皮下损害以及角膜炎和鼻窦炎宜手术切除，但要完整，避免再次植入菌体。此外，也可以应用局部加热疗法。
黑毛结节病常用治疗方法为将毛发剃光，或每天清洗毛发，用手刮去结节。可在剃除毛发后再用一些抗真菌剂(如0.05%氯化汞、6%水杨酸、12%苯甲酸、3%硫磺或2%甲醛溶液)，即可治好。亦可用含酮康唑和二硫化硒的药液洗涤病发。
掌黑斑局部治疗常可收效。咪唑类霜剂效果尤佳，每天外涂2～3次，历2周即可。咪康唑、克霉唑霜对足旁及足底皮损的治疗有效。咪康唑对足部皮损的治疗有效。角质溶解剂(如10%硫磺霜、6%水杨酸、12%苯甲酸软膏或酊剂)对本病的治疗常有效。
2.系统治疗 适于系统性损害、手术无法切除的病例。大多对抗真菌药物不敏感，疗效欠佳，需要长期、大量服药。对外瓶霉引起的感染，氟胞嘧啶、氟康唑和两性霉素B效果较好。毛样枝孢霉感染仅对氟胞嘧啶较敏感，可与两性霉素B合用。最近，伊曲康唑和特比萘芬也用于本病治疗，但仍需积累经验。
(二)预后
系统性暗色丝孢霉病预后差，常导致死亡。
