对于无症状精囊结石，可不治疗;如出现症状或梗阻加重，可对症治疗和抗感染治疗。目前尚无证据表明排石治疗有效。
精囊结石合并前列腺增生症，直径在1.2mm以下者，经前列腺切除解除射精管梗阻因素之后，有自行排出之可能。如内科治疗无效，症状较重而已生育者，唯一有效的治疗方法是将精囊连同结石一并切除。
对未生育者，精囊结石致部分性输精管道梗阻的患者，由于其睾丸生精功能仍正常，根据炎症程度的不同，特别是感染初期，通过应用抗生素，或者配合少量的强的松治疗使炎症消退，可使精液质量得到改善。
输精管道梗阻较重者，可采用尿道镜下后尿道纵行切开或精阜切除，术中看到经输精管注入的靛胭脂在手术野中出现，证明手术已效彻底，术后45%~60%患者精子质量改善，妊娠率达29%~35%，但术中要注意避免损伤直肠和尿道。
精囊结石致输精管道梗阻严重引起不能生育者，可采用人工授精方法。也有人采用由硅胶制成的储精囊种植于皮下，将其连接于附睾管，然后穿刺储精囊内精液作人工授精。目前已有取得成功怀孕的报道，而且该项技术已在不断改进。
