治疗取决于病情的严重程度和感染部位，若在培养中意外发现梭状芽胞杆菌而无厌氧菌感染的临床表现，则不必治疗。但若出现临床感染，则应凭经验迅速及时地应用抗生素。
彻底引流和清创常比抗生素更重要，青霉素G仍是抗梭状芽胞菌的首选药物，对严重蜂窝织炎和肌肉坏死症，应立即给1000万~2000万u/d静脉滴注。虽然耐药性罕见，但某些分枝梭状芽胞杆菌菌株已发生相对耐药性。治疗梭状芽胞杆菌感染时，甲硝唑有相同的疗效。而氯霉素和甲硝唑对大多数厌氧菌有效，包括梭状芽胞杆菌和某些对红霉素，四环素和克林霉素耐药的菌株。若存在其他厌氧菌或需氧菌，则应早期应用广谱抗生素(如替卡西林与克拉维酸钾合用或氨苄青霉素与舒巴坦合用)。第3代头孢菌素或克林霉素与氨基糖苷类合用，可用于某些梭状芽胞杆菌混合感染，但这些抗生素的疗效相对差些，并且，梭状芽胞杆菌已对氨基糖苷类产生耐药性。
对伤口肉毒中毒，早期给特异性或多价抗毒素是有价值的。
高压氧治疗对广泛肌肉坏死症(特别是肢体的)可能有帮助，可作为抗生素和外科手术治疗的补充疗法。高压氧疗法似乎有潜在的组织抢救作用，若早期进行高压氧治疗，可降低病死率和发病率。
