咽狼疮与其他部位的狼疮相同，以隐袭起病和无痛发展为其特点。当面部或鼻部发生狼疮，而咽部又有典型的苹果酱样结节发生时，诊断容易，但仍需通过活检方可确诊。
病程进展极慢，病人常不知何时起病。一般症状轻微，常感咽部不适及粘着感，吞咽稍有不便，通常无咽痛，全身情况较好。悬雍垂常为首发部位，继而侵及舌腭弓及软腭，但扁桃体极少受侵犯。按临床经过可分四期。
1.粘膜下浸润期 粘膜苍白、肿胀、微干而有光泽，失去柔软性。
2.结节增生期 狼疮结节色淡红或淡黄，大如小米，多数结节聚集成颗粒状的狼疮病病灶，病灶上的结节有时因粘膜充血不易辨认，涂以肾上腺素液、结节常可显示出典型的苹果酱色。
3.溃疡期 结节溃烂而成溃疡，表面可有白色假膜覆盖，溃疡一般较浅，边缘凸起含有结节，底部常有肉芽。
4.瘢痕形成期 溃疡常可自愈而形成光滑的瘢痕，悬雍垂可因软腭收缩而缩短。
