1.腰、腹不适或疼痛：其原因是由于肾脏肿大和扩张，使肾包膜张力增大，肾蒂受到牵拉，或者使邻近器官受压引起。另外，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。疼痛的特点为隐痛、钝痛，固定于一侧或两侧，对向下部及腰背部放射。如有囊内出血或继发感染，则使疼痛突然加剧。如合并结石或出血后血块阻塞尿路，则可出现肾绞痛。
2.血尿：可表现为镜下血尿或肉眼血尿。发作呈周期性。发作时腰痛常加剧，剧烈运动、创伤、感染可诱发或加重。出血原因是因为囊壁下方有许多动脉，由于压力增加或合并感染，使囊壁血管因过度牵拉而破裂出血。
3.腹部肿块：有时为患者就诊的主要原因，60—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
