初发反应期：患者被舌蝇叮咬后约1周，局部皮肤肿胀，中心出现一红点，即锥虫下疳。
血淋巴期：锥虫进入血液和组织间淋巴液后，引起广泛淋巴结肿大。虫血症高峰可持续2—3天，伴有发热、头痛、关节痛、肢体痛等症状。此期可出现全身淋巴结肿大，尤以颈后、颌下、腹股沟等处者明显。颈后三角部淋巴结肿大(Winterbottom氏征)为冈比亚锥虫病的特征。
脑膜脑炎期：常见病变为弥漫性软脑膜炎，脑皮质充血和水肿，神经元变性，胶质细胞增生。主要临床症状为个性改变、呈无欲状态。出现异常反射，如深部感觉过敏、共济失调、震颤、痉挛、嗜睡、昏睡等。
冈比亚锥虫病呈慢性过程，病程可持续数月至数年，症状较轻，可出现中枢神经系统异常。
罗得西亚锥虫病则呈急性过程，病程为3-9个月。患者多表现显著消瘦、高热和衰竭。有些病人在中枢神经系统未受侵犯以前就已死亡。
诊断
涂片检查法：取患者血液涂片染色镜检。也可取淋巴液、脑脊液、骨髓穿刺液、淋巴结穿刺物等作涂片检查。
血清学诊断方法：常用酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接荧光抗体试验、和间接血凝试验等方法。
分子生物学方法：PCR、DNA探针技术。
