性交疼痛通常伴有明确的妇科疾病，因此医师要详细询问病史及各种社会心理相关因素，了解疼痛的起因、部位、持续时间及并发症状等要详细进行妇科检查含窥器检查阴道检查和必要的三合诊检查，只有除外妇科及全身器质性相关疾病后，才能考虑社会心理因素。
实验室检查：
内分泌激素检查：性激素对女性性生理反应的调节作用非常重要许多疾病或药物会影响性激素的分泌及调节进而引起女性性功能障碍;甲状腺激素直接影响机体的代谢和神经的反应性或由于干扰性腺轴的功能，或因情绪因素引起女性性交疼痛抽血查性激素促卵泡激素(FSH)促黄体生成激素(LH)催乳素(PRL)、雌激素(E)、睾酮(T)及甲状腺激素促甲状腺激素(TSH)游离三点碘甲腺原氨酸(FT3)游离四碘甲腺原氨酸(FT4)，可协助确诊内分泌源性女性性交疼痛。
其它辅助检查：
1.B超 子宫及附件缺如、畸形子宫肌瘤、腺肌症、附件包块等可经B超检查明确诊断必要时配合相应特殊检查如子宫内膜异位的抗子宫内膜抗体检查进一步确诊
2.特异性生理检查 主要包括测定性刺激前及刺激后女性生殖道的血流，阴道pH值阴道顺应性及女性生殖器官震动感觉的界限
利用超声Doppler即可测定阴蒂、阴唇尿道、阴道及子宫的动脉的最大收缩血流速度及静脉舒张末期速度了解外生殖器的性生理反应性。
阴道pH值可间接反映阴道滑润程度和清洁度，可用数字式pH测定仪测定
阴蒂及阴唇震荡度是反映阴蒂及阴唇对性刺激的反应敏感性的指标，可用生物震感阈测量器测定。
阴道压力/流量变化即阴道顺应性，则用顺应性测量仪测定。
其他躯体性疾病则到相应专科进行诊断治疗