重症的FK，特别是镰刀菌性角膜炎，由于发病急骤，常合并有前房积脓及角膜穿孔，经常被误诊为铜绿假单胞菌性角膜溃疡，主要鉴别是前者具有典型的菌丝苔被病灶，后者溃疡呈淡绿色，表面湿润而有光泽(由黏性坏死组织及分泌物构成)，边缘光滑，与正常角膜之间有浸润水肿区。此外，本病与单纯疱疹病毒引起的坏死性角膜炎(necrotic keratitis)和棘阿米巴性角膜炎晚期盘状基质脓肿的临床表现非常酷似，可以通过病史及实验室诊断加以鉴别。
通常还需要和细菌性角膜炎、病毒性角膜炎鉴别。
1.病史 角膜常伴有植物性、泥土等外伤史，眼部及全身长期应用糖皮质激素及广谱抗生素史。
2.典型的临床表现，主要是眼部的典型体征。
3.根据实验室检查及组织病理学检查结果可助于诊断。
