有些溃疡形态很象细菌性，必须依靠仔细的临床检查和病原体诊断，以便和细菌性角膜溃疡鉴别。
细菌性角膜溃疡的诊断：
1、根据临床表现，结合溃疡形成、参考病因和病史大体上可作出初步诊断。
2、刮片做细菌染色、培养，有助于明确诊断。
真菌性角膜溃疡的诊断比较困难，一般应从下列三方面着手。
1、病史 有以下情况之一者，应进一步作病原体检查。①农村患者，起病前有稻谷等农业外伤史，或角膜炎史，或挑除异物史。②较长时间滴用或球结膜下注射多种抗生素而溃疡未能控制者。
2、症状及体征 ①常伴有前方积脓的白色、黄白色或灰白色溃疡，其发展程度与病程对比，相对为慢性者。②眼部刺激症状与溃疡大小对比，相对为轻微者。
3、病原 ①溃疡坏死组织进行刮片检查，可找到真菌菌丝;将刮片接种于真菌培养基上，可有真菌生长。②细胞培养一般阴性，或仅有杂菌生长。
真菌的检查方法：取溃疡面坏死组织进行涂片检查，如能找到真菌菌丝，或取坏死组织进行培养，而有真菌生长，是最可靠的诊断依据。采取标本方法是先滴表面麻醉剂，然后用尖头小刀片在浸润致密处刮取直径0.5毫米溃疡部坏死组织一小块，作为标本。一般先做氢氮氧化钾涂片检查，如果尚有标本可取，可同时作真菌培养。有时，一次以兔过多损伤瞳孔区角膜，切勿在溃疡深处采取标本，以防溃疡穿孔。
刮取标本时，有时已能在真菌性与细菌性之间作出初步鉴别。一般说来，真菌性溃疡面的坏死组织呈“苔垢”或“牙膏”样，质地疏松，缺少粘性;而细菌性溃疡面的坏死组织呈“胶冻”样，富于粘性。
⑴真菌涂片法 取溃疡面坏死组织一小块置于玻片上，滴5%氢氧化钾溶液一小滴于其上，覆以盖玻片，略加轻压。用高倍显微镜检查，即可检得真菌菌丝。多者常满布视野，但少量菌丝则需仔细检查才能发现。涂片阳性，一般即可确定诊断。标本需当时检查，不能保存。
⑵真菌培养法 取坏死组织一小块，置于固体土豆或沙氏培养基斜面上。如能同时接种在几个培养基上，则有助于提高培养阳性率。放在摄氏37度温箱内，每日观察。接种次日起即有真菌生物可能。如果一周后尚未见生长，即为阳性。培养法可以观察真菌菌落的形态、色泽，在显微镜下检查菌丝、孢子等，以鉴别菌咱，保存菌种以及作药物敏感度试验。培养的阳性率一般涂片为低。