急性肾盂肾炎需与急性膀胱炎区别，前者除有膀胱刺激症状外，还有寒战、高热和肾区叩痛。结核性膀胱炎发展缓慢，呈慢性膀胱炎症状，对药物治疗的反应不佳，尿液中可找到抗酸杆菌，尿路造影显示患侧肾有结核病变。膀胱炎与间质性膀胱炎的区别，后者尿液清晰，极少脓细胞，无细菌，膀胱充盈时有剧痛，耻骨上膀胱区可触及饱满而有压痛的膀胱。嗜酸性膀胱炎的临床表现与一般膀胱炎相似，区别在于前者尿中有嗜酸粒细胞，并大量浸润膀胱粘膜。膀胱炎与腺性膀胱炎的鉴别诊断，主要依靠膀胱镜检查和活体组织检查。
女性患者，急性细菌性膀胱炎须与其它泌尿生殖系感染相鉴别，外阴道炎与膀胱炎症状相似，但通过盆腔检查和阴道分泌物检出致病菌可明确诊断。急性尿道综合征可引起尿频、尿痛，但尿培养菌落计数较低或无菌生长。急性肾盂肾炎可出现膀胱刺激症状，但有腰痛和发热。
在儿童，某些洗涤剂或蛲虫可引起外阴和尿道刺激症状，且与膀胱炎的症状相似。
男性患者，急性细菌性膀胱炎须与尿道、前列腺和肾脏感染相鉴别，适当的体格检查和实验室检查可资鉴别。
非感染性膀胱炎的症状与细菌性膀胱炎相似，如抗肿瘤治疗(放疗、化疗)引起的膀胱炎、间质性膀胱炎、嗜酸性细胞增多性膀胱炎，膀胱肿瘤等均须一一作出鉴别。
一些新娘常常被尿痛、尿急、排不尽感所折磨，有的人甚至还出现了血尿。有关专家介绍，其中大多数人是因为患上了急性膀胱炎。
辅助检查
实验室检查：血像正常，或有白细胞轻度升高。尿液分析常有脓尿或菌尿，有时可发现肉眼血尿或镜下血尿。尿培养可发现致病菌。如没有其它泌尿系疾病，血清肌酐和血尿素氮均正常。
X线检查：如果怀疑有肾脏感染或其他泌尿生殖道异常，这时须作X线检查。对变形杆菌感染的患者，如治疗效果差或根本无疗效者，应作X线检查，确定是否合并有尿路结石。
器械检查：出血明显时，须作膀胱镜检查，但必须在感染急性期后或在感染得到充分治疗后进行。