1.慢性胃炎 主要症状为上腹闷胀疼痛、嗳气、食欲减退及消化不良史。纤维胃镜检查对慢性胃炎的诊断极为重要，可发现胃黏膜水肿、充血、黏膜色泽变为黄白或灰黄色、黏膜萎缩。肥厚性胃炎可见黏膜皱襞肥大，或有结节并可见糜烂及表浅溃疡。
2.消化性溃疡 有溃疡病史，上腹痛与饮食规律性有关，而胆囊结石及慢性胆囊炎往往于进食后疼痛加重，特别进高脂肪食物。溃疡病常于春秋季节急性发作，而胆石性慢性胆囊炎多于夜间发病。钡餐检查及纤维胃镜检查有明显鉴别价值。
3.胃神经官能症 虽有长期反复发作病史，但与进食油腻无明显关系，往往与情绪波动关系密切。常有神经性呕吐，每于进食后突然发生呕吐，一般无恶心，呕吐量不多且不费力，吐后即可进食，不影响食欲及食量。本病常伴有全身性神经官能症状，用暗示疗法可使症状缓解，鉴别不难。
4.胃下垂 本病可有肝、肾等其他脏器下垂。上腹不适以饭后加重，卧位时症状减轻，立位检查可见中下腹部胀满，而上腹部空虚，有时可见胃型并可有振水音，钡餐检查可明确诊断。
5.肾下垂 常有食欲不佳、恶心呕吐等症状，并以右侧多见，但其右侧上腹及腰部疼痛于站立及行走时加重，可出现绞痛，并向下腹部放射。体格检查时分别于卧位、坐位及立位触诊，如发现右上腹肿物因体位改变而移位则对鉴别有意义，卧位及立位肾X线平片及静脉尿路造影有助于诊断。
6.迁延性肝炎及慢性肝炎 本病有急性肝炎病史，尚有慢性消化不良及右上腹不适等症状，可有肝大及肝功不良，并在慢性肝炎可出现脾大，蜘蛛痣及肝掌，B超检查胆囊功能良好。
7.慢性胰腺炎 常为急性胰腺炎的后遗症，其上腹痛向左肩背部放射，X线平片有时可见胰腺钙化影或胰腺结石，纤维十二指肠镜检查及逆行胆胰管造影对诊断慢性胰腺炎有一定价值。
8.胆囊癌 本病可合并有胆囊结石。本病病史短，病情发展快，很快出现肝门淋巴结转移及直接侵及附近肝组织，故多出现持续性黄疸。右上腹痛为持续性，症状明显时多数病人于右上腹肋缘下可触及硬性肿块，B超及CT检查可帮助诊断。
9.肝癌 原发性肝癌如出现右上腹或上腹痛多已较晚，此时常可触及肿大并有结节的肝脏。B超检查，放射性核素扫描及CT检查分别可发现肝脏有肿瘤图像及放射缺损或密度减低区,甲胎蛋白阳性。
单纯胆囊结石一般不出现黄疸及肝功能障碍，故有关黄疸及肝功能的实验室检查多无阳性检查结果。
影像学检查是当前赖以确诊胆囊结石病的主要手段，超声常是第一线的检查手段，可以发现胆囊内结石、胆囊壁增厚、胆囊缺乏收缩，结果常是准确可靠的。其他的检查方法则往往根据超声检查结果而确定是否进一步采用。
在X线平片上，约20%的胆囊结石因含钙量高，可呈阳性影像。由于结石阳性率低，肝胆区的X线平片已不作为临床诊断要求。但X线平片可显示肿大的胆囊及炎性肿块的软组织影以及在气性胆囊炎时可见胆囊内及胆囊周围的气体影。此外，一些间接的X线征象，往往有助于急性胆囊炎的诊断：①胆囊下方小肠的扩张、充气等反射性肠淤积症;②胆囊区软组织阴影增大;③腹膜的刺激征象，如右侧的腹膜脂肪线模糊或消失、右侧膈肌抬高;④右侧胸膜反应性积液或右下肺叶盘状肺不张等。
当胆囊管通畅、胆囊的浓缩功能尚好时，口服法胆囊造影可显示胆囊内结石的负影，准确率可达95%。
若胆囊管通畅，静脉法胆囊造影可显示胆囊内的结石负影。
CT图像上可见胆囊壁厚，囊内有结石和胆汁沉积物。口服胆囊造影剂CT扫描检查，可增加对结石的分辨力。
