可能与IBS混淆的常见疾病有：乳糖耐受不良,憩室病,"药物性腹泻",胆道疾病,轻泻药的滥用,寄生虫疾病,细菌性肠炎,嗜酸性粒细胞性胃炎或肠炎,显微镜下(胶原性)结肠炎和早期炎症性肠病.炎症性肠病患者的年龄呈双峰分布,故对年轻和年老两组患者的评价一定要考虑到这些状况.对年龄超过40岁,特别是以前无IBS症状史者,若出现大便习惯改变,必须通过结肠镜排除结肠息肉和肿瘤,对年龄大于60岁的患者应该考虑缺血性肠病的可能.
妇女的盆腔检查有助于排除卵巢肿瘤和囊肿或子宫肌瘤,因为这些疾病症状可与IBS相似.对于腹泻患者,甲状腺功能亢进症,类癌综合征,甲状腺髓样癌,VIP瘤和Zollinger-Ellison综合征的可能性均应被考虑.便秘且无解剖学病损的患者,则应被考虑有无甲状腺功能减退或甲状旁腺功能亢进症的可能性.如果患者的病史和实验室检查提示吸收障碍,应进行吸收测定以排除热带口炎性腹泻,乳糜泻和Whipple病,最后,对所有非便时需过度用力的便秘患者,应考虑排队其他病(如盆底肌肉不协调).
腹痛为临床常见症状之一，可表现为急性或慢性，其病因复杂，多数为器质性，也可为功能性;多为腹腔内器官病变起，也可为腹腔外器官病变所致，因此在诊断时要全面考虑，详细分析病史及各项检查结果。
脐周疼痛是指以脐周为中心的腹痛，常见于各种胃肠道疾病，是胃肠道炎症、溃疡、肿瘤的重要体征。
1、以腹痛、腹胀、腹泻或便秘为主诉，伴有全身性神经症状(症状持续或反复超过3个月)
2、一般情况良好，无消瘦及发热，系统体检仅发现
3、多次粪常规及培养(至少3次)均阴性，粪隐血试验阴性
4、X线钡剂灌肠检查无阳性发现，或结肠有激惹征象
5、结肠镜示部分患者运动亢进，无明显黏膜异常，组织学检查基本正常
6、血、尿常规正常，血沉正常
7、无痢疾、血吸虫等寄生虫病史，试验性治疗无效(注：指甲硝唑试验治疗和停用乳制品)
符合上述标准者，一般可作出临床诊断。但要注意与一些表现隐匿或症状不典型的其它疾病鉴别，对诊断有怀疑者可选择有关的进一步检查。
