它和传染性腹泻不同，排便检查无病毒细菌;它和结肠炎也不同，不会引起肠道炎症的现象。
(1)粪脂测定：粪涂片用苏丹Ⅲ染色在镜下观察脂肪滴是最简单的定性检查方法，粪脂含量在15%以上者多为阳性。脂肪平衡试验是用化学方法测定每日粪脂含量，结果最准确。131碘-甘油三酯和131碘-油酸吸收试验较简便但准确性不及平衡试验。粪脂量超过正常时反应脂肪吸收不良，可因小肠粘膜病变、肠内细菌过长或胰外分泌不足等原因引起。
(2)D-木糖吸收试验：阳性者反映空肠疾病或小肠细菌过长引起的吸收不良。在仅有胰腺外分泌不足或仅累及回肠的疾病，木糖试验正常。
(3)维生素B12吸收试验(Schilling试验) 在回肠功能不良或切除过多、肠内细菌过长以及恶性贫血时，维生素B12尿排泄量低于正常。
(4)胰功能试验：功能异常时表明小肠吸收不良是由胰腺病引起的。参阅“慢性胰腺炎”一节。
(5)呼气试验：①14C-甘氨酸呼气试验：在回肠功能不良或切除过多肠内细菌过长时，肺呼出的14CO2和粪排出的14CO2明显增多。②氢呼气试验：在诊断乳糖或其他双糖吸收不良，小肠内细菌过长，或小肠传递过速有价值。
(二)影像诊断
1.X线检查 X线钡餐、钡灌肠检查和腹部平片可显示胃肠道病变、运动功能状态、胆石、胰腺或淋巴结钙化。选择性血管造影和CT对诊断消化系统肿瘤尤有价值。
2.内镜检查 直肠镜和乙状结肠镜和活组织检查的操作简便，对相应肠段的癌肿有早期诊断价值。纤维结肠镜检查和活检可观察并诊断全结肠和末端回肠的病变。小肠镜的操作不易，可观察十二指肠和空肠近段病变并作活检。怀疑胆道和胰腺病变时，ERCP有重要价值。
3.B型超声扫描 为无创性和无放射性检查方法，应优先采用。
4.小肠粘膜活组织检查 对弥漫性小肠粘膜病变，如热带性口炎性腹泻、乳糜泻、Whipple病、弥漫性小肠淋巴瘤(α重链病)等，可经口手入小肠活检管吸取小肠粘膜作病理检查，以确定诊断。
