一般非典型疟疾应与下列疾病相鉴别。
败血症 疟疾急起高热，热型稽留或弛张者，类似败血症。但败血症全身中毒症状重;有局灶性炎症或转移性化脓病灶;白细胞总数及中性粒细胞增高;血培养可有病原菌生长。
钩端螺旋体病 本病流行多在秋收季节，与参加秋收接触疫水有密切关系。临床典型症状“寒热酸痛一身乏，眼红腿痛淋巴大”可供鉴别。
丝虫病 急性丝虫病有时需与疟疾鉴别，鉴别主要依离心性淋巴管炎，血片中找到微丝蚴。
伤寒、副伤寒 一般起病不急，持续高热，常无寒战及大汗，有听力减退，相对缓脉，玫瑰疹，白细胞减少，嗜酸性粒细胞消失，肥达反应阳性，血或骨髓培养阳性等特点，不难鉴别。
急性血吸虫病 来自流行区，近期接触过疫水，有皮疹，嗜酸性粒细胞明显增高，血吸虫皮试阳性，大便孵化阳性，即可确诊为血吸虫病。
其它如粟粒性结核、胆道感染引起的长热程发热也要注意鉴别。
脑型疟疾 本病发生易与流行性乙型脑炎、中毒性痢疾、中暑相混淆。通常要仔细反复查找疟原虫。毒痢还应做粪常规、培养。一时弄不清可先用抗疟药治疗以等待结果。
黑尿热应与急性溶血性贫血鉴别，如胡豆黄;阵发性血红蛋白尿。
疟原虫感染。
流行病学 有在疟疾流行区居住或旅行史，近年有疟疾发作史或近期曾接受过输血的发热患者都应被怀疑。
临床表现 典型的周期性寒战、发热、出汗可初步诊断。不规律发热，而伴脾、肝肿大及贫血，应想到疟疾的可能。凶险型多发生在流行期中，多急起，高热寒战，昏迷与抽搐等。流行区婴幼儿突然高热、寒战、昏迷，也应考虑本病。
实验室检查 主要是查找疟原虫，通常找到即可确诊。血片找疟原虫应当在寒战发作时采血，此时原虫数多、易找。需要时应多次重复查找。并一定要做厚血片寻找。如临床高度怀疑而血片多次阴性可做骨髓穿刺涂片查找疟原虫。
治疗性诊断 临床表现很象疟疾，但经多次检查未找到疟原虫。可试用杀灭红内期原虫的药物(如氯喹)，治疗48小时发热控制者，可能为疟疾。但注意耐氯喹虫株。