本病临床表现复杂，病程又长，易于误诊，因此应与其他疾病相鉴别。当主诉为脓血便或水样便时，应与细菌性痢疾、阿米巴痢疾及溃疡性结肠炎等相鉴别;当主诉为腹痛时，应与胃、十二指肠溃疡及急性胆囊炎等相鉴别。
本病多数无复核临床症状，但因虫体能引起反复自身感染，当人体抵抗力低下时，如患各种疾病、营养不良、免疫缺陷或接受激素及其他免疫抑制剂治疗，常可反复发生重度自身感染，出现相当严重的症状，甚至死亡。
1、肛周皮肤无临床症状：当丝状蚴经肛门周围皮肤侵入后，局部皮肤则出现水肿、刺痛及瘙痒，并常伴有线状或带状荨麻疹。由于幼虫在皮肤内移行较快，故引起的荨麻疹蔓延速度也很快。曾有报道1例患者荨麻疹蔓延速度每小时达10～12cm。荨麻诊在肛周皮肤的出现及快速蔓延，常是粪类圆线虫幼虫在皮肤内移行时的重要诊断依据。
2、肠道症状与体征：粪类圆线虫引起的肠道症状主要表现为长期腹泻，频繁性下痢，可见水样便或粘液血样便，有里急后重。其次为腹痛，多位于右上腹。偶见便秘。重度感染时常伴有恶心、呕吐、还可出现麻痹性肠梗阻、腹胀、电解质紊乱、脱水，甚至肠穿孔、全身衰竭及死亡。有些急性患者可排出恶息、多泡味的白色粪便，甚至出现严重的脂肪痢。其原因可能与吸收不良或肠淋巴管扩张破裂，脂肪进入肠腔有关。
3、其他症状与体征：本虫幼虫在肺脏移行时，可引起过敏性肺炎和哮喘，表现为轻度发热、咳嗽、咯痰。X线胸片检查有局限性或弥漫性炎症阴影。幼虫如在肺脏停留发育为成虫，所产幼虫有时侵入胸腔而引起胸膜炎。此外，虫体的代谢产物及死亡崩解产物还可引起全身中毒症状，如发热、贫血及神经症状如烦躁、失眠等。急性感染时可引起嗜酸性粒细胞增多，常达15%～85%。
