应注意与下列各种疾病相鉴别:
①致病性大肠杆菌性肠炎 多发于2岁以下儿童，5-8个月发病率较高。粪便内可有黏液，有腥臭味，较为稀薄呈蛋花汤样，大便次数较多，容易引起脱水、酸中毒。镜检可有白细胞、脓细胞，通过粪便的细菌培养可以确诊。
②沙门氏菌肠炎 常常以家庭或集体发作，呕吐多见，大便黏液多于脓，常呈绿色胶冻状。里急后重较为少见，粪便细菌培养可以确诊。
③病毒性腹泻 多见于2岁之内儿童。起病急，伴有上呼吸道感染症状，大便呈水样或蛋花汤样，可有少量黏液，无腥臭味。粪便细菌培养阴性，做免疫电镜检查、酶联免疫吸附测定及聚丙烯酞胺凝胶电泳检测，以及病毒分离对诊断本病有帮助。
本病有呕吐、腹痛症状，但若病人出现严重呕吐、持久的剧烈腹痛，应首先排除其他肠内、外疾病，以防误诊。
