本病应与肾脓肿、肾囊肿、其他类型肾癌、多囊肾等囊性病变相鉴别。
1 肾脓肿的低密度病灶，增强后为均匀环形强化，脓肿壁厚薄均匀，内壁光滑无壁结节，囊内容物均一无悬浮物，病灶周围可见低密度水肿带，肾周多伴感染，肾轮廓模糊，结合临床鉴别亦较容易。
2 典型囊肿壁薄光滑无强化，其内为水样密度与囊性肾癌鉴别不难，但由于部分复杂囊肿可缓慢演变，故肾囊肿的定期随访十分重要。当囊肿壁增厚或不规则;囊壁出现实性成分，并有强化;囊肿周围出现软组织影时应警惕恶性可能。另外，仔细观察囊肿内分隔形态，有无悬浮物，钙化灶位置也有助于定性诊断。
3 普通型肾透明细胞癌伴囊性变由于二者预后具有明显差异，鉴别诊断尤为重要。
4 多房性囊性肾瘤是由间胚叶组织发展而来的错构瘤，切面也可见大小不等的囊腔，囊液性质与多房性囊性肾细胞癌相似，但其背覆上皮为高柱或扁平上皮，囊腔内有纤维细胞、平滑肌及幼稚间胚叶组织。
5 成人型多囊肾病变常为双侧，肾脏体积明显变大，被覆单层扁平或立方上皮，囊腔间有压迫萎缩的肾实质，常伴有继发感染。
囊性肾癌的临床表现近似于肾癌，也可见肉眼血尿，腹部包块及疼痛，由于囊性肾癌通常有一个完整的囊壁，出现肉眼血尿的机会较少。
