隐睾应与睾丸萎缩、异位睾丸、回缩性睾丸等相鉴别。
1、睾丸萎缩：是指男子睾丸缩小痿软之一种病证，也称“子萎”，以一例或双侧睾丸萎缩，既小又软为特征，大多数能引起不育，多继发于腮腺炎或外伤，也有先天性者。多因肾气亏乏，或病邪损伤引起。先天性睾丸发育不良者不易治愈，继发性睾丸萎缩者亦需耐心调治，中医辨证论治有时能取得一定效果。
2、异位睾丸：可在耻骨联合上方、股部或会阴部找到睾丸。正常睾丸下降时，绝大多数情况下，沿着引带末端的阴囊分支而进入阴囊底部，如睾丸未降至阴囊底部，而沿睾丸引带末端的其他分支下降
3、回缩性睾丸：多见于婴幼儿，是由于提睾肌过度收缩所致，随着年龄增长，睾丸增大和提睾肌作用减弱，这种现象将逐渐减少。回缩睾丸用手轻柔地向下推挤，可回纳至阴囊内，松手后睾丸可在阴囊内停留一段时间。与滑动睾丸的区别是后者被推进阴囊后，一旦松手睾丸即退回原来位置，属隐睾范畴。至耻骨部、股部或会阴部，则形成异位睾丸。约占隐睾的1%。
据杭州阿波罗男子医院权威专家介绍：睾丸长期停留在不正常的位置可引起不良后果：
1、睾丸萎缩：睾丸未下降至阴囊内,生后2年内还只有轻度的组织改变，在2～5岁以后就会引起睾丸发育不全或萎缩。两侧隐睾可使90%的病人不育。
2、恶性变：隐睾患者恶性变的危险较正常阴囊内睾丸大20～48倍;而腹腔内睾丸恶性变的危险较腹股沟睾丸大5倍。睾丸先天性缺陷以及睾丸处于不正常的位置、周围温度较高是隐睾发生恶性变的原因。
3、易外伤：睾丸位于阴囊内，活动度较大，外伤的机会较小。位于腹股沟的睾丸，当腹肌收缩时腹股沟管也收缩，其中的睾丸即受到挤压。腹腔内睾丸也经常受腹压改变的挤压。
4、睾丸扭转：隐睾之睾丸可能有睾丸引带、提睾肌附着异常或睾丸鞘膜的附着异常，易于发生睾丸扭转。
5、其他：隐睾患者大约65%有疝气。
6、空虚的阴囊可引起自卑感、精神苦闷、性情孤僻。
