应与其它原因或途径引起的蛋白丢失相鉴别。
1.失代偿期肝硬化 有肝病史，肝脏缩小、脾肿大等门脉高压的临床表现，及肝功能异常等。这些肝硬化的特点有助于与其鉴别。
2.肾病综合征 肾病综合征有大量的血浆蛋白(特别是白蛋白)从尿中丢失，尿蛋白排出率>3.5g/d，以白蛋白为主。血浆胆固醇增高，伴三酰甘油及低密度脂蛋白浓度增高。尿化验有红细胞、颗粒管型。还可有肾功能损害和高血压的表现。
3.血浆蛋白消耗过多性疾病 长期发热、甲状腺功能亢进、恶性肿瘤、糖尿病等，可引起消耗过多性低蛋白血症。但各有其相应疾病的病史及临床特点，有特异的实验室等辅助检查异常。找不到血浆蛋白从胃肠道过多丢失的证据。
4.蛋白质消化吸收不良 主要见于胃大部分切除术、慢性胰腺炎及某些小肠吸收不良疾病。粪便中蛋白质及其不完全分解产物增多，常伴粪脂含量增高。胰外分泌功能试验和相应的小肠吸收功能试验有异常，找不到血浆蛋白从胃肠道黏膜过多丢失的证据。但要注意有些引起蛋白质吸收不良的疾病也可引起蛋白丢失性胃肠病，故不排除二者可同时或先后存在的可能性。
5.先天性低白蛋白血症 在儿童期就有明显的低白蛋白血症，血清白蛋白常<10g/L，血沉很快，血清胆固醇很高，球蛋白正常或增高。有时还需与长期透析，多次大量抽胸、腹水，蛋白质摄入不足，大出血，大面积烧伤等导致低蛋白血症的情况鉴别。根据特有的病史，临床表现及找不到血浆蛋白从胃肠道丢失的依据而得到鉴别。
临床表现
一、蛋白丢失性胃肠病
多见于胃癌和结肠癌，因癌组织坏死脱落而引起相应胃肠粘膜的通透性增高，血浆蛋白大量从胃肠道漏出丢失。癌瘤压迫和堵塞淋巴管，引起胃肠淋巴回流受阻，淋巴管淤积、破裂，使大量蛋白丢失。临床上以低蛋白血症和水肿为主要表现。
二、小肠绒毛萎缩
可见于结肠癌、直肠癌、主要表现为腹泻。
三、腹泻、失水和休克
主要见于结肠绒毛样腺瘤，偶见于消化道APUD系统肿瘤，如VIP瘤、胃泌素瘤和胰多肽瘤等。表现为分泌性腹泻，可导致失水、电解质紊乱，甚至休克。
诊断
通过放射性核素标记大分子物质消化道排泄试验，或α1-抗胰蛋白酶检测可以确诊蛋白丢失性胃肠病。