应与贲门失弛缓症、弥漫性食管痉挛、胃食管反流疾病及食管神经症相鉴别。鉴别主要依据食管测压检查。
1、弥漫性食管痉挛：胡桃夹食管与弥漫性食管痉挛同属于原发性食管运动障碍性疾病，并有报道认为本病是弥漫性食管痉挛的先兆，鉴别有一定难度。Benjamin等(1979)研究发现本病高振幅收缩多在食管下段，同时伴有正常的原发性食管蠕动。弥漫性食管痉挛与胡桃夹食管的主要鉴别点。
2、胃食管反流：胃食管反流病人有时也可有食管动力异常，表现为假性胡桃夹食管样表现。Achen等(1993)报道从402例非心源性胸痛病人中查出40例(10%)胡桃夹食管病人，胃镜证实40例胡桃夹食管病人中有糜烂性食管炎1例(2.5%)。对其中20例进行24h食管pH监测，有13例(65%)有异常量的酸反流。测压检查12例(30%)胡桃夹食管病人的胃食管反流。对这12例病人进行大剂量雷尼替丁或奥美拉唑积极抗酸治疗8周后，7例(64%)病人的胡桃夹食管诊断特征消失，2例(33%)食管动力正常。故认为这些病人中所见食管动力异常归因于胃食管反流。主张在用解痉剂治疗非心源性胸痛之前，应首先排除胃食管反流病。
3、贲门失弛缓症：亦可表现为咽下困难、胸骨后痛以及反食。食管钡剂造影见食管极度扩张、延长和迂曲，扩张下段呈鸟嘴样狭窄。食管测压见食管下2/3段不出现蠕动波，高LES压力伴松弛不良或完全失松弛表现。胡桃夹食管特点为食管具有高振幅，可达150～200mmHg，长时间(>60s)的蠕动性收缩，但食管LES功能正常，进餐时可松弛。
病史中的胸痛和间歇性咽下困难是可疑线索。体格检查无阳性发现。内镜检查主要是用来排除其他疾病。确诊有赖X线检查和测压检查。
1、测压检查测压检查显示食管体部同时发生非推动性、不协调的收缩及间歇性正常蠕动。这种不协调收缩所引起的平均压力可以和正常蠕动波所引起者相似，但有时可显著增高，收缩的持续时间也可异常延长。食管上1/3的功能正常，LES(食管下括约肌)的压力多正常，但有时也增高。
2、醋甲胆碱试验常为阴性，但有时也可呈阳性，唯达不到失弛缓症时的水平。
3、X线检查胸部平片无异常发现，食管X线钡剂检查可见蠕动波仅达主动脉弓水平，食管下2/3为一种异常强烈的、不协调的、非推进性收缩所取代，因而食管腔出现一系列同轴性狭窄，致使食管呈螺旋状或串珠状。但病人症状的严重程度与X线异常的程度和范围没有平行关系，甚至病人毫无症状，仅在检查其他疾病时意外地被发现。
4、固体食团食管闪烁造影Kjellen等提出此法可用于食管测压和X线检查正常的吞咽困难患者。病人仰卧在连有电脑的γ照相机下，给予过99m锝酸盐75MBq的固态胶块4ml和水15ml同时一次咽下。用连接电脑的标绘仪记录食团从环状软骨水平至胃的传输图像。以一次检查中出现食团卡住2次，或其输送时间长于9.7s者为异常。
