1.早期尿道旁腺癌应与尿道肉阜区别，对有怀疑恶变的尿道肉阜，均应做活检以明确诊断。
2.中、晚期的尿道旁腺癌应排除原发病灶是否来自前庭，但前者为腺癌，后者为鳞状细胞癌。
诊断：尿道旁腺癌根据临床表现的症状和体征可初步做出诊断;经行尿道口肿物活检为腺癌时可确诊。病人从出现症状到确诊的时间可能数天，也可能长达数年，一般为3～12 个月，少数情况下，患者可无任何症状，她们往往为检查其他疾病而偶然发现患有尿道癌。
中下段尿道癌可能通过视诊或触诊检查而发现。病变可能呈鲜红色乳头状赘生物突向尿道腔及尿道口，此时易误诊为尿道肉阜，其误诊率约为8%。尿道新生物还应与急慢性炎症引起的尿道黏膜脱垂、憩室等病变相鉴别。尿道癌可以通过阴道触诊发现病变，阴道检查可触到尿道变粗、变硬及条索状肿块。阴道检查可了解病变大小、质地、活动度等，阴道双合诊检查可了解有无膀胱及盆腔转移。当病变侵犯至阴道壁时，很难判断原发灶来自尿道、还是来自阴道本身。
膀胱尿道镜检及活体组织检查是诊断尿道癌的主要方法。有些病变几乎不向尿道内生长，膀胱尿道镜检查可能漏诊，此时可以经阴道用手指将病变向尿道方向推移，将能更好地暴露和观察病变。确诊尿道癌需要活体组织病理学诊断。活检最好经尿道取材，少数情况下可经阴道针吸取材。可以取晨尿或用尿道拭子或刮匙伸入尿道取脱落细胞进行细胞学检查。确诊后还需进一步全面检查，了解病变范围，排除癌转移，明确临床分期。
实验室检查：尿常规检查、分泌物检查、肿瘤标志物检查、聚合酶链反应检测。
其他辅助检查：组织病理学检查。
