临床上需与色素痣、表皮囊肿、纤维瘤以及其他附件肿瘤区别。
病的多发型在临床上有一定特点，为多发，对称，正常皮色的小结节或丘疹，好发于面部，开始见于儿童或青年，有家族发病倾向，皮疹持续存在无变化，但可慢慢发生新疹，单发型者临床无特征，需要作病理检查才能确定。
本病临床上应与Pringle病(即结节性硬化病)，汗管瘤，基底细胞痣综合征等鉴别，临床上鉴别有时困难，但结节性硬化症常有其它合并症，对鉴别诊断有帮助，汗管瘤主要发生于眼周围，并可发生于颈部，前胸，后背，通常损害较小，大小比较一致，基底细胞痣综合征也有发生于面部者，但该病无好发部位，并能早期破溃，且常可伴发骨骼及中枢神经系统异常，如作病理检查，则鉴别更为可靠，病理上应与角化性基底细胞癌，结节性基底细胞癌，毛发腺瘤及毛囊瘤等鉴别。
单发型毛发上皮瘤常误为无色素的皮内痣，因其临床上无特殊表现，因此应作病理检查，但在病理检查时，鉴别诊断也会遇到困难，特别是角化性的基底细胞瘤，个别视野几乎无法区别，需要全面观察，才能诊断，在Gray等的病例中约有30%以上的标本，开始时误诊为基底细胞瘤。
