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面肌痉挛病因不明，面肌痉挛的异常神经冲动可能是面神经上某些部位受到病理性刺激的结果。这些刺激可能来自椎-基底动脉系统的动脉硬化性扩张或动脉瘤的压迫。1967年Jannette提出面神经根部受到微血管压迫是面肌痉挛的主要原因，若将微血管牵开，可使面肌痉挛解除。小脑后下动脉或其分支的压迫占60%，小脑前下动脉及椎动脉分支的压迫各占20%～30%。其他原因不到1%，如小脑脑桥角肿瘤、炎症、面神经炎后脱髓鞘变性、静脉压迫等引起。
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