多种病因可引起低枸橼酸尿，如I型肾小管酸中毒、肠源性高草酸尿、吸收性高钙尿和肾性高钙尿、过多动物蛋白摄人、慢性腹泻、口服噻嗪类利尿剂等。一些研究揭示原发性甲状旁腺功能亢进症患者只有在低枸橼酸尿时才形成肾结石，而尿枸橼酸排出正常者不形成结石。
1.远端肾小管酸中毒：这是钙性尿石症的常见原因之一。张德元等报道9例肾小管酸中毒病例，8例伴有低枸橼酸尿。肾小管性酸中毒细胞内H’增多，致使尿pH增高，而尿钙增高及尿枸橼酸降低，则因其重吸收增加所致。完全性。肾小管性酸中毒患者尿枸橼酸可降至<100mg/d。
2.慢性腹泻致继发性酸中毒：在Crohn病、结肠炎、胃大部分切除及回肠切除或分流术后均可引起慢性腹泻，以致小肠对枸橼 酸的吸收减少，滤过的枸橼酸盐下降33%，而导致低枸橼酸尿。
3.噻嗪类药物引起低钾血：使用噻嗪类药物的患者，其血钾、尿钙及尿枸橼酸均会降低，造成低钾血及低枸橼酸尿。
4.尿路感染：尿路感染时，细菌可分解氨为铵及羟基离子并使尿液碱化而减少磷酸钙的溶解度。长时间的持续感染可以产生枸橼酸裂解酶而降低尿枸橼酸。
5.原发性甲状旁腺功能亢进症：甲状旁腺激素可促使枸橼酸盐排泄增加。甲状旁腺功能亢进可使PTH分泌增加，低枸橼酸尿形成，并促进泌尿系结石形成。尿枸橼酸排出正常者不易形成结石。
6.钠离子代谢紊乱：正常人1：3服钠250mmol/d。尿枸橼酸可减少约O.63mmol/d，长期的钠离子负荷紊乱可致低枸橼酸尿发生。
7.胃肠碱净吸收降低：由各种原因所致的胃肠碱净吸收降低可导致低枸橼酸尿而致泌尿系结石形成。根据Oh设计的计算公式：胃肠碱净吸收=(尿钠+尿钾+尿钙+尿镁)一(尿氯+1.8×尿磷)，可估计饮食所产生酸或碱负荷作用对枸橼酸盐排泄的影响。正常24h尿枸橼酸盐与胃肠碱净吸收呈正相关。
8.原发性肠道枸橼酸吸收不良：Fegan等对7例特发性低枸橼酸肾结石患者和7例正常人做枸橼酸吸收对比检测，两组均给予口服枸橼酸钾40mmol/d，发现正常组肠液内96%。98%的枸橼酸在3h内被吸收，而结石组枸橼酸吸收虽良好，但枸橼酸的排泄比胃肠道吸收的枸橼酸低，其原因可能是由于存在钠一枸橼酸的辅助转运因子基因有所改变。
9.动物蛋白摄入过多：因动物蛋白含硫氨基酸在体内氧化产生硫酸盐，结果产生的酸负荷导致尿枸橼酸盐排泄降低。由于尿pH降低和尿尿酸增加，导致未离解尿酸浓度增加，从而有利于尿酸结晶形成，但未发现钙盐浓度及兵抑制活性有变化。