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尽管良性肌束颤综合征精确的病因还不清楚，但目前研究表明其主要与以下几个方面有关：运动，急性病毒感染，焦虑及药物使用。其中，长时间运动是造成肉跳最主要的原因之一。常见可引起肉跳的药物有：利尿剂，皮质激素、雌激素以及过量的咖啡因。另外也有研究认为杀虫剂，特别是有机磷等化学毒物同样可以导致肉跳。在临床工作中，我们也常发现许多患者存着在这样一个恶性循环，轻微的微肉跳引起焦虑紧张，焦虑又加重了肉跳，加重了的肉跳进一步引起了患者的恐慌和焦虑。
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