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猪通过蚊子叮咬而被感染,感染后产生病毒血症,并持续12h到几天。日本脑炎病毒在猪体内的增殖模式尚未清楚,但自人、猴和小鼠已获得一些资料。在病毒血症发生后,病毒散布到血管众多的组织如肝、脾和肌肉,在那里进一步增殖而强化了病毒血症。病毒进入中枢神经系统的方式是经由脑脊髓液,通过内皮细胞、巨噬细胞和淋巴细胞的感染,或血源性途径。在人和小鼠中,JEV感染后选择性地破坏神经元,大多数在脑干、丘脑、基底神经节和皮质下层。
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