(一)发病原因
90%以上肠结核由人型结核杆菌引起，此外，饮用未经严格消毒的乳制品可因牛型结核杆菌而致病，肠结核感染可经口、血行播散和邻近器官结核的波及所致。结核病的发病是人体和结核菌相互作用的结果，经上述途径获得感染仅是致病的条件，只有当入侵的结核菌数量较多，毒力较大，并有人体免疫功能异常、肠功能紊乱引起局部抵抗力削弱时，才会发病。
(二)发病机制
90%以上肠结核是由人型MTB引起的，少数可由牛型MTB引起。MTB引起肠道感染的途径主要有肠源性、血源性和直接蔓延。
1.肠源性 MTB主要经口传染而侵入肠道，患者常为开放性肺结核，由于吞咽了自身含有MTB的痰液而致病。或者经常与开放性肺结核病人共餐，缺乏必要的消毒隔离措施从而致病。少数情况下饮用未经消毒的含有MTB的牛奶或乳制品也可引起原发性肠结核。
MTB进入肠道后多在回盲部引起病变，这是因为：①正常生理情况下肠内容物通过回盲部括约肌之前滞留于回肠末端时间较长，此外，结肠近端常有反蠕动，使肠道内容物在盲肠停留时间更久。这样MTB与肠道黏膜接触机会多，增加了肠黏膜的感染机会。②回肓部有丰富的淋巴组织，而MTB容易侵犯淋巴组织。
2.血源性 粟粒型结核时，MTB可经血行播散而引起肠结核。
3.直接蔓延 腹腔内结核病灶，如女性生殖器官结核和肾结核直接蔓延可引起肠结核。
然而上述途径获得感染仅仅是致病条件。只有当入侵的MTB数量多，毒力强，而人体免疫功能降低、肠道功能紊乱、局部抵抗力降低时才会发病。
