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小肠内的低pH使得某些初级胆酸不能溶解，脂质微团形成减少，而后者是脂肪酸和单酸甘油酯吸收所必需的。胃泌素瘤病人可能有维生素B12 吸收不良，这与内因子无关，虽然胃分泌内因子的功能正常，但小肠内低pH 却影响了内因子促进远端空肠吸收维生素B12的功能，当肠腔pH 调整到7 时，此功能则重新恢复。小肠内的低pH常见于胃泌素瘤。
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